Với luật mới, hệ thống các cơ quan thanh tra được tổ chức theo 2 cấp gồm: Thanh tra Chính phủ và Thanh tra tỉnh, thành phố (gọi chung là Thanh tra tỉnh).

Bên cạnh đó, có các cơ quan thanh tra đặc thù, đó là: cơ quan thanh tra trong công an, quân đội, ngân hàng Nhà nước (Thanh tra Bộ Quốc phòng, Thanh tra Bộ Công an, Thanh tra Ngân hàng Nhà nước và các cơ quan thanh tra khác trong quân đội, công an nhân dân, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam theo quy định của Chính phủ); Thanh tra Cơ yếu; cơ quan thanh tra được thành lập theo điều ước quốc tế.

Việc quy định này được căn cứ vào 3 lý do chủ yếu: (1) Kết luận số 134-KL/TW của Bộ Chính trị, Ban Bí thư không nêu kết thúc hoạt động của các cơ quan thanh tra này; (2) Kế thừa quy định tại khoản 4 Điều 9 của Luật Thanh tra năm 2022; (3) Phù hợp với tinh đặc thù, mô hình tổ chức ngành dọc của Công an, Quân đội, Ngân hàng Nhà nước, Cơ yếu.

Tổ chức và hoạt động cụ thể của Thanh tra Cơ yếu và cơ quan thanh tra được thành lập theo theo điều ước quốc tế, luật giao Chính phủ quy định.

Như vậy, so với luật hiện hành, đã lược bỏ quy định về Thanh tra Bộ; Thanh tra Tổng cục, Cục thuộc Bộ; cơ quan thanh tra ở cơ quan thuộc Chính phủ, Thanh tra sở, Thanh tra huyện, tổ chức và hoạt động của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành…

Đáng chú ý, Luật Thanh tra sửa đổi đã bổ sung quy định nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan thanh tra nhằm tăng cường mối quan hệ giữa cơ quan thanh tra và các bộ, ngành, các sở và bảo đảm hiệu quả của công tác quản lý nhà nước. Trong đó, quy định nhiệm vụ, quyền hạn của Thanh tra Cơ yếu.

Theo Luật mới, Thanh tra Chính phủ thanh tra theo đề nghị của bộ trưởng, thủ trưởng cơ quan ngang bộ, thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ; yêu cầu bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh cử người có chuyên môn nghiệp vụ tham gia Đoàn thanh tra của Thanh tra Chính phủ khi cần thiết.

Luật Thanh tra sửa đổi có 64 điều, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2025.